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中国的文献虽然都只提到荷人撤军是南居益力战之功，是荷军“食尽计穷，始悔过乞降，拆城夜遁”、“彭湖信地，仍归版图”，但也留下默许荷军占领台湾的蜘丝马迹。顾祖禹【读史方舆记要·卷99】提到：“总兵俞咨皋者，用间移红夷于北港(台湾地名)，乃复得澎湖。”说明双方约以荷兰如放弃澎湖，则明朝对其占领台湾不表异议。
此举反映出明人缺乏对台湾的主权意识。经长期闭关自守、实施海禁之后，明人不了解国际情势的转变，心目中仍只有澎湖，明初洪武帝实施海禁，裁撤澎湖巡检司，强迫澎湖居民迁往内地，与台湾联系的机会大为降低。明·给事中何楷疏《春明梦馀录》的记载，就反映了一般明朝官员的观念：“台湾在澎湖岛外，水路距漳、泉约两日夜?其地广衍高腴，可比一大县；中国版图所不载?”所以明朝统治阶层认为台湾既然不在版图之内，被荷兰人先占了也无关紧要。
从现有史料看，同意荷兰人对台湾的占领，只是俞咨皋等地方官员的私下承诺，未经上报朝廷批准。
《巴达维亚城日记》记载，荷兰人占领台湾后不久，就同日本人发生冲突，因为日本人反对向他交纳关税。在争执中，荷兰人指出：“台湾土地不属于日本人，而是属于中国皇帝，中国皇帝已将土地赐予东印度公司，作为我们从澎湖撤退的条件”，现在东印度公司已成为主人，日本人应当向他们纳税。从这些话可以看出，当时荷兰人承认台湾是中国领土，但他们说中国皇帝已将土地赐予他们，则不是事实。因为那是俞咨皋等地方官员的私下承诺，未经上报朝廷批准。所以《巴达维亚城日记》又指出：“中国人已获准前往台湾(指安平)与我方贸易，但宫廷并未公开许可，而军门、都督及大官则予以默许。”。从日记还可看出，当时只答应台南的安平港，并没有答应整个台湾。
荷兰人撤离澎湖
七月初三日(公历8月16日)，明军大发兵，南居益命谢隆仪、俞咨皋、王梦熊三路齐进，直逼夷城，荷兰人不得不同意撤离。
《明实录闽海关系史料》述：“初三日，我兵（明军）直逼夷城（马公），改分兵三路齐进；而夷恐甚，高文律随竖白旗，差通事同夷目至娘马宫哀禀……并无作歹；乞缓进师，容运粮米上船，即拆城还城。孙海道（孙国祯）恐攻急，彼必死斗，不如先复信地后一网尽之为稳，姑许之。”
七月十三日（公历8月26日），荷兰人开始拆城，将建筑材料、大米、武器及其他财物转移至“大员”(荷人称之为—“台窝湾”，今台湾安平)，携同驻台湾第一任长官马蒂孙克从鹿耳门（今安平港口，时荷兰人称为)登陆，建立新的商务据点。
《明实录闽海关系史料》述：“夷果于十三日拆起，运米下船；止东门大楼三层为旧高文律所居，尚留恋不忍。乃督王梦熊等直抵风柜，尽行拆毁。夷船十三只，俱向东番（台湾）遁去。”
清·光绪《澎湖厅志·卷11》载：“居益大发兵，命总兵俞咨皋督诸军齐进。寇势窘，两遣使求援兵，容云米入舟即去。诸将许之，遂扬帆去。独渠帅高文律（或译作“葛温津”）十二人据高楼自守，诸将悉力破擒之，献俘于朝。澎湖之警以息。”
从此荷兰退出澎湖，转进台湾，开始在台湾南部三十八年的盤踞，彻底改变了台湾的历史命运。《康熙戡定台湾记》论及：“荷兰红毛夷求香山、求澎湖于中国而不得，乃以重币啖倭，求台湾一互市地。”
此战明军三次增兵，战事拖延了八个月时间，拥有10倍于敌的兵力却始终不能攻占荷兰人的要塞，最后以围困战术逼退荷兰人。这次战役海上交锋的事迹几乎没有，明军扬长避短以自己的优势陆军来决定战斗胜负，在战争计谋方面做的不错，总算收回了澎湖。但是由于朝政腐败军备松弛的情况已经表露出来很多了。
分兵防守澎湖
连横《台湾通史·卷13·军备志》载：
“总兵俞咨皋逐之，乃复澎湖，筑城暗澳，高丈有七，厚丈有八，东西南各辟一门，北设炮台，内盖衙宇，建营房，凿井驻兵，以控制妈宫。妈宫之左为风柜山，高七八尺。荷人凿其中，垒土若雉堞，毁之。
分军以戍，与案山、西垵相犄角，东为嵵上澳、猪母落水。当南之冲，旧有舟师戍之，亦筑铳城，以防横突。西为西屿，北为北山墩，又北为太武，稍卑为赤嵌，循港而进为镇海港，垒城其中，以扼海道。
其防守也如此。”
以夷制盗
天启五年（1625年），有海寇“伪用宽和年号，元帅、将军等旗帜，自称红夷第一哨，连入犯。”
天启六年（1626年），浙江海面出现“海寇林七老等纠合红夷，伪称王号，扬帆海面，御货杀敌。”
天启六年（1626年）十一月，闽广沿海一带海寇招徒结党，称王称国，其中以杨六、蔡三、钟六等最为雄强。福建与广东海军南北夹攻，于是蔡三走日本，钟六赴东番，而杨六率三千多人、大小战船七十二艘，向福建总兵俞咨皋乞降，愿讨贼自效。
天启年间，郑芝龙集团在台湾建立了基地后，想直接在大陆沿海有个基地发展贸易，曾多次打击福建沿海的明军，突袭金、厦明军水师，还在同安境内竖旗招兵，几日内招到几千人。
福建官员无奈中又想起了“以夷制盗”的招数。福建巡抚朱一冯图谋与荷兰人勾结，“以夷攻贼”，消灭郑芝龙的海上势力。
天启七年(1627年)，福建总兵俞咨皋主持的“以夷制盗”政策开始执行。他以书面允诺荷兰人一定可以获得皇帝的准许与中过贸易，派人勾引他们出兵攻打郑芝龙。
天启七年（1627年）十月，荷兰驻台第二任长官韦特见机不可失，便拼凑所有在台船舰士兵，开往福建铜山岛攻打郑军。郑芝龙对官夷勾结很恼火，毫不留情予以还击，出动“火船”攻击荷兰舰队。荷兰韦特司令临阵脱逃，不发一炮，便率领二艘军舰逃返巴达维亚。双方海战，郑芝龙烧毁荷兰快艇奥沃克号，捕获西卡佩尔号等四艘舰船。这次海战，是荷兰殖民者第一次以台湾为基地进犯大陆，但以惨败告终，“不得不退却”。
当月，郑芝龙、钟斌缓过手后，以总兵俞咨皋勾夷激之为由，迅即破海澄，入中左所（今厦门）。郑船甚众，遍于漳、泉，咨皋度不支，越城宵遁回郡（泉州）。或曰：芝龙故有求抚之意，欲微达于明兵，乃舍先春不追，获卢游击不杀；又自旧镇进至中左所，督帅俞咨皋战败，纵之走。郑军将明金厦水师的船只一把火统统烧了，“全闽为之震动”。
从此，郑芝龙掌握了台湾海峡福建一边的制海权，荷兰船只不敢驶近福建海岸，一出现人、船就要被截获，而明朝水师更是退缩到港口内。
为郑芝龙事下狱、革职
《明史·列传148·熊文灿》载：“熊文灿……崇祯元年起福建左布政使。三月，就拜右佥都御史，巡抚其地。海上故多剧盗，袁进、李忠既降，杨六、杨七及郑芝龙继起。总兵官俞咨皋招六、七降，芝龙猖獗如故。然芝龙常败都司洪先春，释不追；获一游击，不杀；咨皋战败，纵之走。当事知其可抚，遣使谕降之。”
郑芝龙屡破官兵，占领中左所（今厦门）后，已经坐大，成为一支官府无法控制的力量。当时，将全部罪过归之于俞咨皋。
初，巡抚朱钦相招抚海寇杨六、杨七等，郑芝龙求返內地，杨六绐其金不为通，郑芝龙遂流劫海上。
《國榷》载：“天启六年七月己亥，福建总兵俞咨皋议抚海寇杨禄（杨六）、杨策（杨七）等，抚按皆从之。自是，贼日甚。”
《长编》载：“崇祯元年正月己丑，时闽寇郑芝龙猖獗海上，闽人多言闽帅俞咨皋实致之。”
《漳州府志·卷27·宦绩4·明把总·蔡以藩》载：“蔡以藩，泉州人……崇祯间，授海澄营把总。视师甫三日，贼入寇……援绝，以藩力战死。……澄人相率诣郡，请立祠以表忠魂。郡守施邦曜署其牍曰：‘坐以藩香火堂上而塑二逃帅俞咨皋、陈文跪於庭。'事随不果，正自有关风教，人传以为美谈。”
崇祯元年（1628年）正月，工科给事中颜继祖弹劾俞咨皋。
疏曰：“海盗郑芝龙生长于泉（泉州），聚徒数万，劫富施贫，民不畏官而畏盗。总兵俞咨皋招抚之议，实饱贼囊。旧抚朱钦相听其收海盗杨六、杨七以为用。夫抚寇之后，必散于原籍。而咨皋招之海，即置之海，今日受抚，明日为寇。昨岁中左所之变，杨六、杨七杳然无踪，咨皋始缩舌无辞，故闽帅（俞咨皋）不可不去也。”
又曰：“钱神有灵，冰山足倚，听强寇蹂躏内地同安、海澄间，故闽帅不可不去。”
疏入，逮咨皋下于大理寺。
《明史·列传139·钱龙锡》载：“庄烈帝（思宗·朱由检）即位……海寇犯中左所，总兵官俞咨皋弃城遁，罪当诛。”
三月，福建巡抚朱一冯罢官，由熊文灿接任；俞咨皋本拟死罪，后免死，革去世袭军职。
崇祯元年（1628年）十一月刑科给事中刘斯涞为朱一冯鸣不平时，尽管是年九月郑芝龙已受抚于新任巡抚熊文灿，仍将罪过归于俞咨皋。“言：‘八闽寇乱，肇自俞咨皋而借抚修剿，旧抚朱钦相实多苦心，何以有薏苡之疑？朱一冯受事于库藏如洗之日，指臂不灵，姑以病请，何以坐规避之条？以身危奉上之抚臣，反代逐贼脱逃之秽并分过，又宁有为国家任事者乎！'帝责其代辩，不听。”
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中国的文献虽然都只提到荷人撤军是南居益力战之功，是荷军“食尽计穷，始悔过乞降，拆城夜遁”、“彭湖信地，仍归版图”，但也留下默许荷军占领台湾的蜘丝马迹。顾祖禹【读史方舆记要·卷99】提到：“总兵俞咨皋者，用间移红夷于北港(台湾地名)，乃复得澎湖。”说明双方约以荷兰如放弃澎湖，则明朝对其占领台湾不表异议。
此举反映出明人缺乏对台湾的主权意识。经长期闭关自守、实施海禁之后，明人不了解国际情势的转变，心目中仍只有澎湖，明初洪武帝实施海禁，裁撤澎湖巡检司，强迫澎湖居民迁往内地，与台湾联系的机会大为降低。明·给事中何楷疏《春明梦馀录》的记载，就反映了一般明朝官员的观念：“台湾在澎湖岛外，水路距漳、泉约两日夜?其地广衍高腴，可比一大县；中国版图所不载?”所以明朝统治阶层认为台湾既然不在版图之内，被荷兰人先占了也无关紧要。
从现有史料看，同意荷兰人对台湾的占领，只是俞咨皋等地方官员的私下承诺，未经上报朝廷批准。
《巴达维亚城日记》记载，荷兰人占领台湾后不久，就同日本人发生冲突，因为日本人反对向他交纳关税。在争执中，荷兰人指出：“台湾土地不属于日本人，而是属于中国皇帝，中国皇帝已将土地赐予东印度公司，作为我们从澎湖撤退的条件”，现在东印度公司已成为主人，日本人应当向他们纳税。从这些话可以看出，当时荷兰人承认台湾是中国领土，但他们说中国皇帝已将土地赐予他们，则不是事实。因为那是俞咨皋等地方官员的私下承诺，未经上报朝廷批准。所以《巴达维亚城日记》又指出：“中国人已获准前往台湾(指安平)与我方贸易，但宫廷并未公开许可，而军门、都督及大官则予以默许。”。从日记还可看出，当时只答应台南的安平港，并没有答应整个台湾。
荷兰人撤离澎湖
七月初三日(公历8月16日)，明军大发兵，南居益命谢隆仪、俞咨皋、王梦熊三路齐进，直逼夷城，荷兰人不得不同意撤离。
《明实录闽海关系史料》述：“初三日，我兵（明军）直逼夷城（马公），改分兵三路齐进；而夷恐甚，高文律随竖白旗，差通事同夷目至娘马宫哀禀……并无作歹；乞缓进师，容运粮米上船，即拆城还城。孙海道（孙国祯）恐攻急，彼必死斗，不如先复信地后一网尽之为稳，姑许之。”
七月十三日（公历8月26日），荷兰人开始拆城，将建筑材料、大米、武器及其他财物转移至“大员”(荷人称之为—“台窝湾”，今台湾安平)，携同驻台湾第一任长官马蒂孙克从鹿耳门（今安平港口，时荷兰人称为)登陆，建立新的商务据点。
《明实录闽海关系史料》述：“夷果于十三日拆起，运米下船；止东门大楼三层为旧高文律所居，尚留恋不忍。乃督王梦熊等直抵风柜，尽行拆毁。夷船十三只，俱向东番（台湾）遁去。”
清·光绪《澎湖厅志·卷11》载：“居益大发兵，命总兵俞咨皋督诸军齐进。寇势窘，两遣使求援兵，容云米入舟即去。诸将许之，遂扬帆去。独渠帅高文律（或译作“葛温津”）十二人据高楼自守，诸将悉力破擒之，献俘于朝。澎湖之警以息。”
从此荷兰退出澎湖，转进台湾，开始在台湾南部三十八年的盤踞，彻底改变了台湾的历史命运。《康熙戡定台湾记》论及：“荷兰红毛夷求香山、求澎湖于中国而不得，乃以重币啖倭，求台湾一互市地。”
此战明军三次增兵，战事拖延了八个月时间，拥有10倍于敌的兵力却始终不能攻占荷兰人的要塞，最后以围困战术逼退荷兰人。这次战役海上交锋的事迹几乎没有，明军扬长避短以自己的优势陆军来决定战斗胜负，在战争计谋方面做的不错，总算收回了澎湖。但是由于朝政腐败军备松弛的情况已经表露出来很多了。
分兵防守澎湖
连横《台湾通史·卷13·军备志》载：
“总兵俞咨皋逐之，乃复澎湖，筑城暗澳，高丈有七，厚丈有八，东西南各辟一门，北设炮台，内盖衙宇，建营房，凿井驻兵，以控制妈宫。妈宫之左为风柜山，高七八尺。荷人凿其中，垒土若雉堞，毁之。
分军以戍，与案山、西垵相犄角，东为嵵上澳、猪母落水。当南之冲，旧有舟师戍之，亦筑铳城，以防横突。西为西屿，北为北山墩，又北为太武，稍卑为赤嵌，循港而进为镇海港，垒城其中，以扼海道。
其防守也如此。”
以夷制盗
天启五年（1625年），有海寇“伪用宽和年号，元帅、将军等旗帜，自称红夷第一哨，连入犯。”
天启六年（1626年），浙江海面出现“海寇林七老等纠合红夷，伪称王号，扬帆海面，御货杀敌。”
天启六年（1626年）十一月，闽广沿海一带海寇招徒结党，称王称国，其中以杨六、蔡三、钟六等最为雄强。福建与广东海军南北夹攻，于是蔡三走日本，钟六赴东番，而杨六率三千多人、大小战船七十二艘，向福建总兵俞咨皋乞降，愿讨贼自效。
天启年间，郑芝龙集团在台湾建立了基地后，想直接在大陆沿海有个基地发展贸易，曾多次打击福建沿海的明军，突袭金、厦明军水师，还在同安境内竖旗招兵，几日内招到几千人。
福建官员无奈中又想起了“以夷制盗”的招数。福建巡抚朱一冯图谋与荷兰人勾结，“以夷攻贼”，消灭郑芝龙的海上势力。
天启七年(1627年)，福建总兵俞咨皋主持的“以夷制盗”政策开始执行。他以书面允诺荷兰人一定可以获得皇帝的准许与中过贸易，派人勾引他们出兵攻打郑芝龙。
天启七年（1627年）十月，荷兰驻台第二任长官韦特见机不可失，便拼凑所有在台船舰士兵，开往福建铜山岛攻打郑军。郑芝龙对官夷勾结很恼火，毫不留情予以还击，出动“火船”攻击荷兰舰队。荷兰韦特司令临阵脱逃，不发一炮，便率领二艘军舰逃返巴达维亚。双方海战，郑芝龙烧毁荷兰快艇奥沃克号，捕获西卡佩尔号等四艘舰船。这次海战，是荷兰殖民者第一次以台湾为基地进犯大陆，但以惨败告终，“不得不退却”。
当月，郑芝龙、钟斌缓过手后，以总兵俞咨皋勾夷激之为由，迅即破海澄，入中左所（今厦门）。郑船甚众，遍于漳、泉，咨皋度不支，越城宵遁回郡（泉州）。或曰：芝龙故有求抚之意，欲微达于明兵，乃舍先春不追，获卢游击不杀；又自旧镇进至中左所，督帅俞咨皋战败，纵之走。郑军将明金厦水师的船只一把火统统烧了，“全闽为之震动”。
从此，郑芝龙掌握了台湾海峡福建一边的制海权，荷兰船只不敢驶近福建海岸，一出现人、船就要被截获，而明朝水师更是退缩到港口内。
为郑芝龙事下狱、革职
《明史·列传148·熊文灿》载：“熊文灿……崇祯元年起福建左布政使。三月，就拜右佥都御史，巡抚其地。海上故多剧盗，袁进、李忠既降，杨六、杨七及郑芝龙继起。总兵官俞咨皋招六、七降，芝龙猖獗如故。然芝龙常败都司洪先春，释不追；获一游击，不杀；咨皋战败，纵之走。当事知其可抚，遣使谕降之。”
郑芝龙屡破官兵，占领中左所（今厦门）后，已经坐大，成为一支官府无法控制的力量。当时，将全部罪过归之于俞咨皋。
初，巡抚朱钦相招抚海寇杨六、杨七等，郑芝龙求返內地，杨六绐其金不为通，郑芝龙遂流劫海上。
《國榷》载：“天启六年七月己亥，福建总兵俞咨皋议抚海寇杨禄（杨六）、杨策（杨七）等，抚按皆从之。自是，贼日甚。”
《长编》载：“崇祯元年正月己丑，时闽寇郑芝龙猖獗海上，闽人多言闽帅俞咨皋实致之。”
《漳州府志·卷27·宦绩4·明把总·蔡以藩》载：“蔡以藩，泉州人……崇祯间，授海澄营把总。视师甫三日，贼入寇……援绝，以藩力战死。……澄人相率诣郡，请立祠以表忠魂。郡守施邦曜署其牍曰：‘坐以藩香火堂上而塑二逃帅俞咨皋、陈文跪於庭。'事随不果，正自有关风教，人传以为美谈。”
崇祯元年（1628年）正月，工科给事中颜继祖弹劾俞咨皋。
疏曰：“海盗郑芝龙生长于泉（泉州），聚徒数万，劫富施贫，民不畏官而畏盗。总兵俞咨皋招抚之议，实饱贼囊。旧抚朱钦相听其收海盗杨六、杨七以为用。夫抚寇之后，必散于原籍。而咨皋招之海，即置之海，今日受抚，明日为寇。昨岁中左所之变，杨六、杨七杳然无踪，咨皋始缩舌无辞，故闽帅（俞咨皋）不可不去也。”
又曰：“钱神有灵，冰山足倚，听强寇蹂躏内地同安、海澄间，故闽帅不可不去。”
疏入，逮咨皋下于大理寺。
《明史·列传139·钱龙锡》载：“庄烈帝（思宗·朱由检）即位……海寇犯中左所，总兵官俞咨皋弃城遁，罪当诛。”
三月，福建巡抚朱一冯罢官，由熊文灿接任；俞咨皋本拟死罪，后免死，革去世袭军职。
崇祯元年（1628年）十一月刑科给事中刘斯涞为朱一冯鸣不平时，尽管是年九月郑芝龙已受抚于新任巡抚熊文灿，仍将罪过归于俞咨皋。“言：‘八闽寇乱，肇自俞咨皋而借抚修剿，旧抚朱钦相实多苦心，何以有薏苡之疑？朱一冯受事于库藏如洗之日，指臂不灵，姑以病请，何以坐规避之条？以身危奉上之抚臣，反代逐贼脱逃之秽并分过，又宁有为国家任事者乎！'帝责其代辩，不听。”
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